El 20 de enero de 2004, la Oficina de Gerencia y Presupuesto (OGP) aprueba la creación de la Secretarí­a Auxiliar de Permisos, Endosos y Servicios Especializados (SAP) adscrita a la Oficina del Secretario.
La SAP consta de 9 unidades distribuidas en 3 negociados que procesan solicitudes relacionadas con propuestas de desarrollo y uso de terrenos privados o públicos, y presta servicios especializados. En especí­fico, la SAP procesa las solicitudes para:

• el aprovechamiento de los bienes de dominio público marí­timo terrestre (BDPMT), incluyendo las consultas sobre desarrollo propuesto en estos bienes
  (DIVISIÓN DE BDPMT, NEGOCIADO DE PERMISOS)
• el aprovechamiento de los materiales y minerales económicos (los permisos formales ya que los simples se atienden en las Regionales)
  (DIVISIÓN DE CORTEZA TERRESTRE, NEGOCIADO DE PERMISOS)
• el aprovechamiento de las aguas (incluyendo la construcción de los sistemas de extracción de agua)
  (DIVISIÓN DE PERMISOS Y FRANQUICIAS DE AGUA, NEGOCIADO DE PERMISOS)
• el corte, poda y siembra de árboles
  (DIVISIÓN DE MANEJO DE ARBOLES, NEGOCIADO DE PERMISOS)
• de consultas para emisión de endoso a acciones regulados por otras agencias
  (DIVISIÓN DE ENDOSOS, NEGOCIADO DE CONSULTAS)
• consultas para emisión de comentarios a documentos ambientales
  (DIVISIÓN DE PROCESOS AMBIENTALES, NEGOCIADO DE CONSULTAS)
• revisión de Estudios Hidrológico-Hidráulico (H-H), sistemas pluviales
  (DIVISIÓN DE HIDROMODIFICACIONES, NEGOCIADO DE CONSULTAS)
• deslindes de los bienes de dominio público marí­timo terrestre (BDPMT), rí­os, quebradas, fajas verdes, entre otros.
  (DIVISIÓN DE AGRIMENSURA, NEGOCIADO DE SERVICIOS ESPECIALIZADOS)
• asesoramiento sobre aspectos geológicos, entre otros asuntos
  (DIVISIÓN DE GEOLOGIA, NEGOCIADO DE SERVICIOS ESPECIALIZADOS)