La Secretaría Auxiliar de Cumplimiento Ambiental es la unidad de trabajo dentro del Departamento encargada de implantar la politica pública ambiental del Estado. la Secretaría de Calidad Ambiental monitorea el cumplimiento de los estándares de calidad según las normativas estatales y federales. Atiende la contaminación de los terrenos, de los cuerpos de agua y del aire, contaminación sónica y lumínica.
La Secretaria Auxiliar de Calidad Ambiental cuenta además con el Laboratorio Ambiental de Puerto Rico donde se analizan muestras tomadas por las distintas áreas técnicas de la agencia, como por ejemplo, el Área de Calidad de Agua, en las playas y lagos de Puerto Rico.
El grupo de expertos adscritos al Área de Respuestas de Emergencias Ambientales de la Junta de Calidad Ambiental está entrenado para intervenir en emergencias como lo son derrames de combustible.
